Peralihan kepada organisasi bersenjata yang dikenali bermula ketika penetapan Persefahaman Oslo untuk membantu Hamas menentang perjanjian tersebut. Pada 2003 dan 2004, briged di Gaza menghadapi serangan IDF, termasuk pengepungan Jabalya pada Oktober 2004. Walau bagaimanapun, pertempuran tersebut mengakibatkan kerugian yang besar buat briged. Namun begitu, kumpulan ini berjaya mengumpulkan semula kekuatan dan berupaya meneruskan serangan pada tahun-tahun berikutnya.

Pada tahun 2005, perjanjian gencatan senjata dicapai oleh Israel dan Pihak Berkuasa Palestin. Briged ini mengambil kesempatan untuk mengumpul kekuatan sepanjang masa tersebut. Sementara itu, Pihak Berkuasa Palestin menerima tekanan daripada Israel untuk melucutkan persenjataan Hamas, namun usaha tersebut tidak dapat dilakukan. Hal ini demikian kerana risau akan penentangan besar-besaran oleh sayap tentera parti tersebut dan kemungkinan berlaku perang saudara. Dalam jam-jam seterusnya, briged tersebut mengaku bertanggungjawab melancarkan roket-roket Qassam ke bandar Sderot di Israel.

Pada 10 Jun 2006, susulan insiden di pantai Gaza di mana 7 orang penduduk awam terkorban, briged tersebut mengumumkan pembatalan gencatan senjata yang dicapai pada 2005 dengan Israel. Insiden tersebut menyaksikan tentera Israel membedil 8 bom artileri ke arah pantai berdekatan bandar Beit Lahia pada 9 Jun 2006. Dalam jam-jam seterusnya, briged tersebut mengaku bertanggungjawab melancarkan roket-roket Qassam ke bandar Sderot di Israel.

Pada Jun dan Julai 2006, briged tersebut terlibat dalam operasi yang membawa kepada penangkapan Gilad Shalit, di samping pertempuran hebat di Genting Gaza dalam Operation Summer Rains yang dilancarkan oleh Israel. Ini merupakan kali pertama briged tersebut terlibat secara aktif melawan tentera Israel dalam masa 18 bulan.